2118 年 1 ⽉。公安局統括監視官として会議に出席していた常守朱のもとへ、外国船舶で事件が起きたと⼀報が⼊った。同じ会議に出席していた厚⽣省統計本部⻑・慎導篤志とともに現場に急⾏する朱だったが、なぜか捜査権は外務省海外調整局⾏動課に委ねられていた。船からは、篤志が会議のゲストとして呼んだミリシア・ストロンスカヤ博⼠が遺体となって発⾒される。事件の背後には、⾏動課がずっと追っていた〈ピースブレイカー〉の存在があった。博⼠が確⽴した研究…通称〈ストロンスカヤ⽂書〉を狙い、〈ピースブレイカー〉の起こした事件だと知った刑事課⼀係は、⾏動課との共同捜査としてチームを編成する。そこには、かつて公安局から逃亡した、狡噛慎也の姿があった――。博⼠が最後に通信した雑賀譲⼆の協⼒を得て、⽂書を⼿に⼊れるべく出島へ向かった⼀係だったが…。
〈ストロンスカヤ⽂書〉を巡り、予想を超えた⼤きな事件に⽴ち向かっていくこととなる朱と狡噛。その先には、⽇本政府、そしてシビュラシステムをも揺るがす、ある真実が隠されていた。ミッシングリンクをつなぐ〈語られなかった物語〉が、ついに明らかになる――。