宝可梦史上最激烈、围绕体内潜藏有未知力量人造宝可梦的对战拉开了序幕！
在正在旅行的小智一行人面前，一只巨大的宝可梦突然从天而降！降下时的冲击导致四周尘土飞扬，在飞扬的尘土中出现的是幻之宝可梦“波尔凯尼恩”。在远离人烟的《尼贝尔高原》上，和被人类伤害过的宝可梦们共同生活的波尔凯尼恩，实际上非常讨厌人类。
无视小智一行人准备匆忙离去的波尔凯尼恩，却不知为何会将小智一起拖走。奔跑而去的波尔凯尼恩与被拖拽的小智，在不知不觉间被奇妙的锁链捆绑在一起了！即使想分开也无法分开。无奈之下波尔凯尼恩只好拖着刚碰上的小智继续朝着《阿佐特王国》跑去。
另一方面，在巨大的齿轮持续转动的超级机械都市阿佐特王国，其大臣贾维斯获得了寻求多年的终极发明。这就是500年前在阿佐特王国诞生，后来却不知所踪的人造宝可梦“玛机雅娜”，和在玛机雅娜身体内潜藏的称为“魂心”的未知力量。贾维斯企图利用该力量支配阿佐特王国，而波尔凯尼恩则想将在尼贝尔高原被带走的玛机雅娜抢回来！
“人类果然不可饶恕！”
究竟被紧紧相连的波尔凯尼恩和小智，是否能够合力救出玛机雅娜？而潜藏在“魂心”中的真正力量又是什么？宝可梦史上最激烈的对战即将展开！