数千万年前，被称作降临者的外星人来到地球，为研发生体兵器而创造了人类，并从人类开发出负责战斗的兽化兵和负责统御的兽神将(一名，为阿卡菲尔)。“强殖装甲·单元”本来为降临者的基本配备，一日降临者使一名人类殖装“强殖装甲·单元”，殖装后的人类发挥了远超过降临者殖装后的能力、并且不受控制。由于降临者发现人类有不安定的因子存在，因此要毁灭地球另觅他处。兽神将阿卡菲尔为了阻止降临者毁灭地球的计划不惜反叛，以自己的力量将降临者的巨大陨石击毁，自己也因力量耗尽陷入长眠。岁月匆匆流过，距今400年前阿卡菲尔苏醒，为了向降临者复仇，以自己的兽神将水晶体分割，调制出其余十一位兽神将(11人各有阿卡菲尔一部份的能力)并组建了背后控制全世界的秘密组织克诺斯，一直在秘密将人类调制成兽化兵。时至今日，在日本的魅神山中留下来的三套“强殖装甲·单元”，一直是克诺斯求之不得的最高秘密。然而，组织里面一小部分反对将人类调制成兽化兵的科学家，集合起来煽动拥有兽神将能力的兽神将试验体叛变，终于成功将3个“强殖装甲·单元”夺取出去。克诺斯派出兽化兵追捕并寻找散落在外的单元。

一日，兽化兵正在追捕并准备回收被兽化兵实验体偷出的“强殖装甲·单元”，战斗中发生爆炸把“强殖装甲·单元”散落在成泽山。一个平凡的中学生深町晶偶然拾到神秘组织克诺斯的超级生体兵器“强殖装甲·单元”，因意外下启动控制装置而得到殖装成卡巴的能力，成为第一位殖装体Guyver 1，并与图谋征服世界的克诺斯展开激战，后来遇上本为克诺斯日本之部长卷岛玄藏养子的卷岛颚人，发现其身份原来是以打倒克诺斯为目标的Guyver 3，Guyver 1、3再联合兽神将试验体的村上征树，一起为打倒克诺斯而战斗。