勇、卡尔德和谬是从小在伊甸行星一起长大的老朋友。勇与卡尔德以航空事业为职志，谬则希望成为歌手。然而，当三人在高中毕业时，因为一次不预期的意外，使得三人就此各分东西。而谬也为此放弃了成为歌手的理想，成为一个现实的商人。

2040年，为了替换雷霆式战斗机，统合军方展开了一项名为超新星的计划，开发新一代的可变型战斗机。是时，卡尔德以通用银河公司的试飞主任的身分，于伊甸行星上的新爱德华基地负责YF-21的测试工作。已是统合军中尉的勇也在此时调返故乡，以试飞员的身分加入超新星计划，为另一竞争团队试飞YF-19。而成为夏浓之苹果经纪人的谬，则是为了公司的造势活动而回到伊甸。在不预期的机缘中，三人终于又同时回到故乡。这样的重逢，挑起了他们心中尘封已久的心结。在新仇加旧恨下，勇与卡尔德两人在超新星计划中开始了激烈的互角。

同时，统合军也正在进行一项秘密计划——开发取代有人飞机的无人战斗机鬼魂X-9，并将于第一次宇宙大战胜利纪念日发表。这一阴影，正要降临在超新星计划与两位主角的身上。这一次，他们将为过去的矛盾作出最后的总决算..........